藏藥，對藥物來源、性味功效和用藥法則有獨特理論。《月王藥診》首先提出五行學說和六味、八性、十七效的概念，《四部醫典》又進一步加以闡明，使其上升到理論原則。五行學說是指藥物來源于土、水、火、氣、空。與當今所說的植物生態因子相似。土，為藥物生長提供土壤；水，為藥物生長提供水分；火，為藥物生長提供熱能；氣，為藥物生長提供動力；空，為藥物生長提供空間。五行缺一不可，否則藥物就無法生長發育。來源于五行的藥物與性味功效又有密切關系，土性偏強的藥物味甘，具有重、穩、鈍、柔、潤、干之性，具有強筋骨，增生體力，滋補強壯之效，可治隆病。根及根莖類藥材大都屬于土性。水性偏強的藥物，味澀、酸，具有寒、涼、潤、稀、鈍　、軟、柔之性，具有使飲食營養、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精等七大物質聚和，增生肌肉之效，可治赤巴病。皮類和葉類藥材屬于水性。火性偏強的藥物，味辛、澀，具有促進七大物質基礎成熟，助消化，促吸收，增生體熱，榮潤膚色作用，可治培根病。花類、種子類藥材大都屬于火性。氣性偏強的藥，味辛、澀　、咸，具有強筋骨，通經活絡，增生體溫，收斂瘡瘍，促進七大物質基礎運行。皮類藥材大都屬于氣性。空性偏強的藥材，具有四性的通性，其功效通行全身無阻，舒胸寬腹，遍及肢體，適用于一切疾病。果類和種子類藥材大都屬于空性。同時這一理論還把藥材的顏色和五行聯系起來，認為黃色、淡黃色為土　；白色者為水；紅色者為火；綠色者為氣；藍色者為空。并根據藥材的顏色來考慮其屬性，決定它的六味、八性、十七效。

藥物六味，即甘、酸、苦、辛、咸、澀。甘味具有增強體力，補氣固本，榮潤膚色，開竅舒胸，生肌消渴，增生體溫，生培根之效，對赤巴有益；辛味具有增生胃溫，健胃消積，鎮靜安眠，驅殺腸胃寄生蟲之效。咸味具有熄風、鎮靜、消腫化積、消煩渴、增體力、生血液、生赤巴、干黃水、下死胎之效；澀味具有通淋止瀉、復蘇開竅、榮潤皮膚和驅蟲的功效。

六味之外，還有三化味，即服藥后在體內經吸收使原來藥物之味發生變化。如甘、咸兩味轉化為甘味；辛、澀、苦轉化為苦味；酸味經體內吸收后仍為酸味；因此，　甘、苦、酸稱之為三化味。

藥物八性，即寒、熱、輕　、重　、鈍　、銳、　潤　、糙。藏藥學認為，疾病的發生是由隆、赤巴、培根失調所致；造成其失調是所用的藥物性質不當、飲食不和、起居不適所造成。藏醫所說的：“隆”，相當于中醫的“氣”、“血”，其功能是主呼吸、肢體活動、血液循環、五官感覺、食物分解排泄和精微運轉等。“赤巴”相當于中醫的“膽”或“火”，其功能是產生熱能，維持體溫，增強胃的功能，壯膽生智，榮潤膚色。“培根”相當于中醫的“土”和“水”，其功能是增強胃液，消化吸收，保持和調節體內水分的運轉等。一般是重、鈍兩者醫治隆、赤巴病；熱、輕、銳、糙能醫治培根病。且輕、糙、寒能誘發隆病；熱、銳、潤能誘發赤巴病；重、潤、寒、鈍能誘發培根病。同時，藏醫學把藥物的性與疾病的性同歸為寒、熱兩大類。因此，藥物與疾病的屬性要對應相治，即寒與熱，經與重，銳與鈍，潤與糙是相互對立，又相互制約的矛盾統一體，所以在治病時應辨證論治。

十七效，系指藥物對疾病具有十七種對治功效。寒與熱，溫與涼，干與稀，潤與糙，輕與重，穩與動，鈍與銳，柔與燥軟。藏藥學理論認為藥物性、味、效與五行有淵源關系，土性強的藥物具有重、穩、柔、鈍、潤、干之效，能治隆病。水性強的藥物具有稀、寒、重、鈍　、潤、軟、溫、柔之效，能治赤巴病。火性強的藥物，具有熱、銳、燥、輕、潤、動之效，能治培根病。總之，這十七種效能，能治療臨床呈現的各種病癥。兩種為一對，一是藥性，二是病性，互為對治，即病性輕的應用重效能的藥，反之病性重的，應用輕效的藥物。依此類推。